Direktiva o EPN v členu (11) (1.) (f.) izrecno določa razlog za nepriznanje ali neizvršitev EPN zaradi kršitve temeljnih pravic. Gre za novost v primerjavi z obstoječimi evropskimi instrumenti čezmejnega pravosodnega sodelovanja v kazenskih zadevah. V skladu z določbo se lahko priznanje ali izvršitev EPN v državi izvršiteljici zavrne, če je mogoče utemeljeno domnevati, da bi bila izvršitev preiskovalnega ukrepa, predvidenega v EPN, nezdružljiva z obveznostmi države izvršiteljice v skladu s členom 6 PEU in z Listino. Ta določba je bila z avstrijsko implementacijsko zakonodajo prepisana skoraj dobesedno.

Zavrnitveni razlog kršitve temeljnih pravic je treba v sistemu vzajemnega priznavanja razlagati ozko. Izvršitveni organ ja lahko zato uporabi zgolj v primerih težkih kršitev temeljnih pravic. Domet zavrnitvenega razloga je zelo sporen, še posebej v navezavi na vprašanje, če lahko odsotnost utemeljenosti suma ali sorazmernosti preiskovalnega ukrepa predstavlja kršitev v smislu člena (11) (1.) (f.) Direktive.