O Artigo 11.º, n.º 1, alínea f) da Diretiva DEI formula explicitamente um motivo para a recusa do reconhecimento ou execução de uma DEI recebida devido a uma violação dos direitos fundamentais. Trata-se de uma novidade em comparação com outros instrumentos europeus de cooperação judiciária transfronteiriça. Por conseguinte, o Estado de execução pode recusar o reconhecimento ou a execução de uma DEI se esta violar o artigo 6.º do TUE ou o CDFUE. Este motivo de recusa foi adotado quase literalmente na lei de implementação austríaca (§ 55a n.º 1 pint 7 EU-JZG).

O motivo de recusa de direitos fundamentais deve ser utilizado de forma restritiva no sistema de reconhecimento mútuo e deve ser aplicado apenas em caso de presunção justificada de uma violação grave dos direitos fundamentais.

O alcance do motivo de recusa é extremamente controverso, especialmente no que diz respeito à questão de saber se a falta de urgência da suspeita ou a natureza desproporcionada da medida de investigação pode constituir uma violação de direitos fundamentais na aceção do artigo 11.º, n.º 1 f da Diretiva DEI.